第二天，安德森在公司收到一只邮寄来的手机，刚刚开封，手机就响了起来。他接通电话，里面是个男人的声音：“我是摩非斯。”这个名字并不陌生，安德森在网上与他接触了很久了。
摩非斯当然不是黑衣人的对手，几招过后便束手被擒。
尼奥跟随摩非斯见到了“法师”——一位老女人。在她家里有好多具有特殊能力的小孩，尼奥还跟其中一个孩子学到了一手：用意念扭弯钢匙。孩子说，别总想着你要弄弯它，那只是表象。要用心感受真实。
在“真实的世界”里重生的尼奥，认识了这艘飞船上的成员，摩非斯是领导人，还有老相识祖妮蒂，程序操作员德克，塞帕克和苏伊士兄妹，快乐的小伙子冒斯，黑人亚历克斯，光头赛弗等等。
尼奥相信自己可以战胜黑衣人！
他不想逃，反而摆出了迎战的姿态。
法师告诉尼奥，摩非斯相信他就是那个能杀死“母体”的人，并愿意在危险时刻，用自己的生命换取尼奥的生存。
接着，摩非斯将带尼奥去见一位神秘人物。他留下德克和亚历克斯看守飞船，负责接应，其他人全体进入网络，回到“1998年的世界”。大家都不知道，有一个人已被“母体”收买，准备出卖他们。他就是光头赛弗。
但那死去的只是一个普通的老流浪汉。史密斯仿佛是不死之身，又从列车上跳下来，追着尼奥出了车站。在大街上，三个黑衣人几乎逼得尼奥走投无路。德克通过一只手机为尼奥引路，跑到了一座楼里。
可是祖妮蒂立刻发现了楼下的黑衣人，这些家伙是极难对付的。她必须马上逃跑，跑到最近的电话那里……
摩非斯对尼奥讲述了当前人类的生存状况。通俗地说，尼奥以前所经历的一切，他的生活，包括他熟悉的整个世界，都是虚拟现实，是由计算机制造的被称为“母体”的假世界。而真实情况如下：现在的婴儿都是人工生产，一降生便被放进那种大玻璃槽内，接上管子，开始他的做梦生涯，整个人类都被“母体”蒙骗着。摩非斯带领的这队人马，是最后的人类精英。他们躲藏在地下城里，一边逃避“母体”的追杀，一边进行艰苦卓绝的战斗。这艘飞船就是他们的武器。
摩非斯在电话里指引安德森逃进一间无人的办公室，让他通过窗外的升降机走到隔壁房间去。但有恐高症的安德森没能完成这一高难动作，终于让黑衣人捉住了。
赛弗先通过电话线回到了飞船上。他用电击武器打死了德克和亚历克斯，然后开始对付沉睡在座椅上，没有反抗能力的战士们。
尼奥与祖妮蒂已经把大楼里的守卫们杀得人仰马翻，到了楼顶。一个黑衣人上来了，尼奥与他开枪互击，两人都用神奇的高速度闪避子弹。祖妮蒂在旁边出其不意地射死了黑衣人，但他们发现，那尸体变成了一个普通的守卫。黑衣人可以变为任何人，普通人类是无法杀死他们的。
楼房外，一辆轿车戛然停住，两个戴墨镜的黑衣人从车里下来。带队的警察中尉让他们别管这儿的事，因为已派了两队人马去捉拿那个目标了。一个黑衣人说：“你派的人已经死光了。”
幸而祖妮蒂又来找他。这次，在为安德森·尼奥取出体内的机器虫后，祖妮蒂带他进入一座古旧的宅子，在那里，他看见了摩非斯——一位高大的黑种人。
黑衣客史密斯突然出现，祖妮蒂通过电话回到了飞船，但话筒被史密斯的子弹打碎，尼奥逃不掉了。
1998年的世界，我们的世界。
在一间审讯室里，三个黑衣客共同审问安德森。为首的一人坐在他对面，说：“我们知道你的双重身份：公司程序员安德森和电脑网络里的‘尼奥’。你和摩非斯关系甚密，而‘委员会’认为他是个恐怖分子。希望你跟我们合作。”
在最后关头，尼奥奋起神威，反败为胜。黑衣人被飞驰而来的地铁列车撞死。
一架飞行器探下钢爪，把尼奥抓起来。
几十亿人在地球上忙忙碌碌，繁衍生息。我们当中，是否曾经有人怀疑过这个世界（包括自己在内）的真实性？
祖妮蒂拼命奔逃，好不容易甩掉了黑衣客，电话亭就在眼前。但一辆虎视眈眈的大卡车已在马路上对准了它。
祖妮蒂不肯相信，结局竟会是这样，她抱着尼奥的躯体，对他低语：“法师说我会爱上一个死人，所以我一直非常害怕……你不能死，你一定不能死！”
不管尼奥是否相信，摩非斯开始了对他的特训，首先就是中国功夫。在虚拟实境中，摩非斯告诉尼奥打斗的秘密：“这与肌肉无关，你必须明白程序运行的规律。师父领进门，修行在各人。”
另一个世界里，尼奥醒来了。这可不是令人愉快的体验，他是赤裸裸地在一个充满黏液的大玻璃槽中醒来的，身上插满了管子，脑后还有一个输入输出端口。
如果有一天，你正在电脑网络中徜徉，突然屏幕上出现了一行字：“你好，我早已注意到你，我用了一生的时间在寻找你。”而说这句话的人是从另一个层次的世界里通过一根电话线与你联系的，你会怎么想？
1998年某夜，软件公司程序员安德森又在网上与名为“祖妮蒂”的人交谈起来，这个祖妮蒂知道安德森的一切。
在飞船上，祖妮蒂焦急地看着屏幕：“他要干什么？”摩非斯说：“他开始相信了。”
一场不可思议的追逐开始了，一个黑衣客带领警察紧追不舍，祖妮蒂飞檐走壁，显示出超乎人类想像的弹跳力。警察们面面相觑，那个黑衣人抛下他们，竟也像大鸟一样飞上祖妮蒂逃生的房子。
谈话突然中断，安德森不知道，祖妮蒂在一间幽暗的楼房里被警察围困了。
祖妮蒂的深情呼唤，使尼奥复苏了。他开始呼吸。在“1998年”的世界里，他从地上爬起来。他的心里充满了力量。从他眼中看出去，这个世界繁华的表象被剥得精光，他看见了世界的本原。
尼奥必须立刻回到飞船上去。因为机器“水母”们已撕开甲板，钻了进来。尼奥抄起响个不停的电话筒，同时，飞船上的摩非斯也转动了那个红色旋钮……
黑衣人的铁臂猛地凿穿了墙壁，抓住尼奥。这时，摩非斯实现了诺言：要用自己的生命换取尼奥的生命。他跳出去和黑衣人拼命搏斗，命令大家带尼奥逃跑。
赛弗先杀死了塞帕克、苏伊士兄妹，正当他要对尼奥下手时，昏倒在地上的德克奇迹般醒来。德克捡起电击武器，杀掉了叛徒赛弗，尼奥和祖妮蒂这才安全返家。
摩非斯对“尼奥”说：“你不是这个时代的人，这个世界也不是真实的。你们认为现在是1998年，但真实的世界早已进入了二十二世纪。”
卡车上走下三个黑衣人，他们看了看已变为碎片的电话亭，为首的一个说：“她跑掉了，不过没什么。咱们立刻去找下一个目标，名字是‘尼奥’。”
在摩非斯的鼓动下，尼奥吃下了一颗红色药丸，摩非斯和祖妮蒂将带他去“真实的世界”。吃下药丸后，他们就可以锁定他的位置。
果然，在楼房里，警察们早已横尸一片，祖妮蒂独自屹立在尸体当中。她的中国功夫练出来还满像回事儿。
枪战没有结果，肉搏开始。史密斯先把尼奥打得口吐鲜血，在飞船上，尼奥的躯体剧烈地抽搐着。如果黑衣人在虚拟世界里杀死尼奥的话，“真实”的尼奥也会死亡的。
突然，另外两名黑衣客闯进房间，通知史密斯：尼奥和祖妮蒂已一路打了进来，肯定是要营救摩非斯。
电话铃响起来，祖妮蒂跑过去抓起话筒。大卡车开足马力直冲过来，轰然一声巨响，亭倒墙坍。
他恐惧地扭头四顾，身边是望不到头的一排排玻璃槽，里面沉睡着与他一样的人，成千上万。摩非斯就是从这些人中把他挑选出来的，为什么呢？
摩非斯说：“马上会有人来找你，不能让他们抓到。”随着他的话音，黑衣人带着警察进了大办公室。
摩非斯知道，有一个特殊的人，他将找到“母体”所在地，并最后把它摧毁。摩非斯相信尼奥就是这个人。
安德森不愿合作。接下来，令他不敢相信的噩梦般的情景出现了：他的两片嘴唇竟然长在了一起，无法说话。黑衣人拿出一只十分恶心的小机器虫，植入他体内……
安德森在一处阴暗肮脏的舞厅里初次面对面地见到了祖妮蒂。祖妮蒂告诉他一些他不愿相信的事。
摩非斯带着大家返回时，发现黑衣人们已布置好了陷阱。小伙子冒斯被警察打死。他们躲进房子墙壁的夹层里，逃过警察的耳目。但光头赛弗有意无意地打了个喷嚏，暴露了行踪。
在黑衣人的巢穴，摩非斯正经受考验。敌人希望通过他找到进入“真实世界”的大门。黑衣人的首领——史密斯，支走另外两个同伴，对摩非斯说出一番惊人的话：“我也厌恶透了这个世界，这个动物园！我要进入到真实的世界去！你这里有钥匙，把它给我！”
祖妮蒂望着尼奥，说：“我非常怕。法师跟我说过一些话，她的预言都会实现的。所以……”
这时，飞船遭到了一群机器“水母”的袭击。它们用激光烧融船体，想钻进来。摩非斯的手按在一个红色旋钮上面：只要轻轻一转，机器水母就会被毁灭。但必须等尼奥回来……
令他们不敢相信的是，尼奥终于被史密斯迎头截住，一枪射中胸口！史密斯疯狂地向尼奥身上倾斜子弹，尼奥倒在血泊里。在飞船上，祖妮蒂绝望地看着座椅里的尼奥吐出了最后一口气。
两人开着现成的直升机，把摩非斯救出来。直升机被黑衣人击毁，他们逃入地铁站。
然后，摩非斯把他们的对手介绍给尼奥，就是曾经追捕过他的那三名黑衣客。他们是“母体”设立的一种程序，专门对付“有缺陷的人类”。他们可以成为任何人，却又任何人都不是。他们是“掌管钥匙的人”，必须跟他们战斗。只要尼奥能杀死其中任何一个，就说明他是那个“特殊的人”，因为一般人类根本无法触动黑衣客的毫毛。
劳动、索取、生存、享受……我们都忙昏了头，全身心地投入到这个庞大复杂的大机器里，跳不出去，也从来没想过跳出去。
基奴·里维斯给你讲述了下面这样一个故事。
在飞船舱内，摩非斯他们开始重建尼奥的肌肉组织。因为说来也可怜，和那些人一样，尼奥从出生时起就睡在玻璃槽里，他的肌肉从来没有使用过。他们将在大梦中度过一生。
站内的公用电话响了，摩非斯先拿起话筒。他的身体在一瞬间化为光流，消失了。
史密斯怒吼一声，扑了上来。但他的拳脚在尼奥看来已不行了，像小孩子打闹一样可笑。为了不让史密斯再逃脱死亡，尼奥钻进了他的体内，从里面把他撑裂。另两个黑衣人吓破了胆，扭头就跑。